تم تأسيس مجلس إدارة الأوقاف الجعفرية الخيرية في دبي بمرسوم صادر عن صاحب السمو المغفور له الشيخ راشد بن سعيد آل مكتوم - طيب الله ثراه - حاكم دبي بتاريخ 1971/12/27.

​

ومنذ ذلك التاريخ شرع المجلس في إدارة المرافق الدينية والوقفية ،والاهتمام بالشؤون الدينية والاجتماعية، وقد حققت مجالس الإدارة منذ التأسيس إنجازات عديدة في شتى الاختصاصات المناطة بها، وقد تم ذلك بإشراف مجالس الإدارة المتعاقبة ،والتي يمثلها نخبة من أبناء الإمارات.

 

وفي عام 2007 أصدر صاحب السمو الشيخ محمد بن راشد آل مكتوم حاكم دبي - رعاه الله - المرسوم رقم (20) بتعيين مجلس إدارة جديد ،وتحديد صلاحيات و اختصاصات المجلس.